Das botanische Werk Emil Pfeiffers umfaßt die 1921 in den Jahrbüchern des Nassauischen Vereins für Naturkunde publizierte "Flora von Wiesbaden" sowie die weit über 1.100 in zehn Bänden gebundenen Pflanzenaquarelle. Dazu kommen weitere 40 Tafeln mit Abbildungen von Pilzen aus der Umgebung Wiesbadens.
Während es sich bei den Pilzaquarellen um Abbildungen häufigerer Arten handelt, versuchte Emil Pfeiffer, bei der in Text und Abbildungen vorliegenden "Flora von Wiesbaden" Vollständigkeit zu erreichen. Obschon in etwa zur gleichen Zeit entstanden, weichen Text- und Abbildungsteil in mehrerlei Hinsicht voneinander ab. Neben einem vierbändigen Werk zu den Höheren Pflanzen finden sich die Gefäßkryptogamen in einem separaten Band, ebenso die Gehölzarten. Beide Sonderbände berücksichtigen weit mehr Arten, als sich im (nach Pflanzenfamilien gegliederten) Textteil finden lassen. Zum Teil verwendet Emil Pfeiffer bei den Pflanzenaquarellen nicht den gleichen Namen wie im Textteil für die gleiche Pflanze. Auch werden bei den Aquarellen nur in ganz wenigen Fällen Angaben zum Fundort der Pflanzen gemacht, während der Textteil zu den selteneren oder bemerkenswerteren Arten durchweg Fundorte auflistet. Fehlen im Text Funddaten bis auf eine einzige Angabe völlig, sind die Pflanzenaquarelle bis auf wenige Ausnahmen durchweg alle datiert. Es kann davon ausgegangen werden, daß Emil Pfeiffer die nach der Natur abgebildeten Pflanzen alle vorgelegen haben, denn keines der Aquarelle erweckt den Eindruck, als wäre es etwa nach getrockneten Herbarbelegen angefertigt worden.
Die Pflanzenaquarelle umfassen außer der Flora Wiesbadens noch weitere drei Bände, von denen einer nur Gartenpflanzen berücksichtigt, zwei Bände sind für das gärtnerische Spezialinteresse Emil Pfeiffers reserviert, die Schwertlilien.
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Herausgegeber: Museum Wiesbaden, Alfred Weigle Stiftung und Nassauischen Verein für Naturkunde
DVD-ROM, > 1.200 Abbildungen, ISBN 978-3-89258-089-8.